Literaturverwaltung: Zotero, EndNote und Citavi für die Doktorarbeit

Herausgeber: Prof. Dr. med. Serge C. Thal · Stand: Oktober 2026

Literaturverwaltungsprogramme speichern Literaturangaben samt PDF und Notizen, importieren sie aus Datenbanken wie PubMed und erzeugen in der Textverarbeitung Zitate und Literaturverzeichnis im gewünschten Zitierstil. Für eine Doktorarbeit mit 80 bis 200 Quellen ist ein solches Programm keine Kür, sondern Voraussetzung für ein fehlerfreies Literaturverzeichnis. Diese Seite vergleicht die in D-A-CH verbreiteten Programme, beschreibt einen erprobten Arbeitsablauf und nennt die Fehler, die kurz vor der Abgabe am meisten Zeit kosten.

Kernempfehlungen

  • Das Programm Ihrer Arbeitsgruppe verwenden. Gemeinsame Manuskripte funktionieren nur, wenn alle Beteiligten dasselbe Programm nutzen. Fragen Sie vor dem ersten Import.
  • Ohne Vorgabe: Zotero.Empfehlung: Kostenlos, auf allen Betriebssystemen verfügbar, mit großem Stilangebot; Sie behalten Ihre Bibliothek auch nach dem Wechsel der Hochschule.
  • Vor dem ersten Kapitel den Zitierstil klären. Promotionsordnung oder Fakultätsrichtlinie nennen oft einen Stil (häufig Vancouver oder ein Autor-Jahr-Stil); bei publikationsbasierten Dissertationen gilt für die Artikel der Stil der Zeitschrift.
  • Nie zwei Programme in einem Dokument mischen und nie Zitate von Hand nachtragen. Beides zerstört die automatische Nummerierung.
  • Metadaten beim Import prüfen, nicht vor der Abgabe. Fehlerhafte Angaben ziehen sich sonst durch jede Fassung.

Programme im Vergleich

ZoteroEndNoteCitavi
Aktuelle VersionZotero 10 (August 2026)EndNote 2025Citavi 7
AnbieterDigital Scholar (Corporation for Digital Scholarship), gemeinnützigClarivateSwiss Academic Software (Lumivero)
Lizenzkostenlos, quelloffenkostenpflichtig; Mehrplatz- und Campuslizenzenkostenpflichtig; Campuslizenzen werden an mehreren Hochschulen gekündigt (z. B. Universität Münster zum 31.12.2026) – Lizenzlage vor Projektbeginn klären
PlattformenWindows, macOS, Linux, iOS, AndroidWindows, macOS, Web, iOSDesktop nur Windows; Citavi Web im Browser (auch für macOS)
ErfassenBrowser-Erweiterung (Zotero Connector); Eingabe von PMID, DOI oder ISBNImport aus Datenbanken, Online-Suche, „Find Full Text“Recherche aus dem Programm, Import, Browser-Add-on
ZitierenWord, LibreOffice, Google Docs; über 10.000 ZitierstileWord („Cite While You Write“); Tausende StileWord-Add-in
ZusammenarbeitGruppenbibliotheken kostenlosBibliotheken mit bis zu 1.000 Personen teilbarGemeinsame Cloud- oder Serverprojekte
Rückzugswarnungja (Retraction-Watch-Daten)janicht dokumentiert (in den Neuerungen von Citavi 7 nicht genannt)
Besonderheit300 MB Cloudspeicher kostenlos, mehr gegen Gebühr; Dateisynchronisation auch per WebDAV„Find a Journal“ für die Zeitschriftenwahl, KI-Zusammenfassungen in der WebversionWissensorganisation: Zitate und Ideen an der Gliederung der Arbeit ausrichten

Mendeley Desktop wird nicht mehr angeboten; Nachfolger ist der Mendeley Reference Manager (Elsevier). Für Arbeiten in LaTeX eignen sich Zotero (mit BibTeX-Export) oder JabRef.

Kosten für Zotero-Speicher

SpeicherPreis pro Jahr
300 MBkostenlos
2 GB20 US-Dollar
6 GB60 US-Dollar
unbegrenzt120 US-Dollar

Die Synchronisation der Literaturangaben selbst ist unbegrenzt und kostenlos; begrenzt ist nur der Speicher für Dateien (PDFs). Dateien in Gruppenbibliotheken zählen zum Speicher der Person, der die Gruppe gehört.

Arbeitsablauf für die Doktorarbeit

  1. Einrichten: Programm und Word-Erweiterung installieren, Konto für die Synchronisation anlegen, Zitierstil der Fakultät auswählen und mit einem Testdokument prüfen.
  2. Struktur anlegen: Eine Bibliothek für die Dissertation; Sammlungen bzw. Ordner nach Kapiteln oder Suchschritten; Schlagwörter (Tags) für Status, z. B. „gelesen“, „zitiert“, „Methodik“.
  3. Importieren: Aus PubMed über „Send to“ > „Citation manager“ (.nbib-Datei) oder über die Browser-Erweiterung; einzelne Titel per PMID oder DOI. Eine Sammlung pro Suchlauf erleichtert die spätere Dokumentation.
  4. Duplikate entfernen und die Zahl vor und nach der Bereinigung notieren, wenn Sie mehrere Datenbanken durchsuchen.
  5. Metadaten prüfen: Autoren, Titel, Zeitschrift, Jahr, Band, Seiten, DOI. Besonders fehleranfällig sind Einträge aus Webseiten und Verlags-PDFs.
  6. PDFs anhängen und annotieren: Im Programm lesen und markieren; so bleiben Notizen am Nachweis.
  7. Zitieren: Ausschließlich über die Word-Erweiterung einfügen. Das Literaturverzeichnis an der gewünschten Stelle erzeugen lassen.
  8. Abgabe vorbereiten: Rückzugswarnungen prüfen, Literaturverzeichnis vollständig durchsehen, eine Kopie des Dokuments ohne Feldfunktionen erzeugen (siehe Fallstricke), Bibliothek sichern.

Zitierstil korrekt einrichten

  • Stil beschaffen: Zotero nutzt Stile im Format CSL; das Zotero Style Repository enthält Stile für Vancouver, AMA und viele Zeitschriften. EndNote nutzt eigene „Output Styles“, Citavi eigene Zitationsstile. Fakultäten stellen teils fertige Stildateien bereit.
  • Stil testen: Fügen Sie in ein Testdokument je einen Zeitschriftenartikel, ein Buch, ein Buchkapitel, eine Leitlinie und eine Webseite ein und vergleichen Sie das Ergebnis mit dem Beispiel der Promotionsordnung. Abweichungen zeigen sich fast immer bei Kapiteln und Webquellen.
  • Nummerierte Stile (Vancouver): Mehrere Quellen an einer Stelle in einem einzigen Zitat zusammenfassen, damit Bereiche wie [3–5] korrekt entstehen.
  • Seitenangaben und Zusätze („vgl.“, Seitenzahl bei wörtlichen Zitaten) über die Bearbeitungsfunktion des Zitats eintragen, nicht als Text neben das Feld.
  • Webquellen und Leitlinien: Abrufdatum, Version und Registernummer im Eintrag pflegen; Leitlinien als eigenen Eintragstyp (z. B. „Bericht“) anlegen.

Gemeinsam schreiben

Bei Manuskripten mit Ko-Autorinnen und Ko-Autoren legen Sie eine gemeinsame Gruppenbibliothek an (Zotero-Gruppe, geteilte EndNote-Bibliothek oder Citavi-Cloudprojekt). Alle Beteiligten fügen Zitate mit demselben Programm ein. Wer kein Programm nutzt, kommentiert nur und ändert keine Zitate. Bei Zotero bleiben Zitate in Word funktionsfähig, solange der zitierte Eintrag in einer Bibliothek liegt, auf die die bearbeitende Person Zugriff hat.

KI-Funktionen in Literaturprogrammen

EndNote bietet in der Webversion KI-gestützte Zusammenfassungen und einen Rechercheassistenten; Citavi 7 bringt eigene KI-Funktionen mit (Literatursuche, KI-generierte Bewertungen, Zusammenfassungen von Textpassagen); für Zotero gibt es KI-Funktionen nur über Erweiterungen von Drittanbietern. Empfehlung: Nutzen Sie solche Zusammenfassungen nur zur Vorauswahl, nie als Grundlage eines Zitats. Laden Sie keine unveröffentlichten eigenen Daten oder urheberrechtlich geschützten Volltexte in externe KI-Dienste, ohne die Nutzungsbedingungen und die Vorgaben Ihrer Fakultät zu kennen, und legen Sie den Einsatz offen.

Fallstricke

FallstrickFolgeGegenmaßnahme
Feldfunktionen im Arbeitsdokument entfernt („Unlink Citations“, „Convert to Plain Text“)Zitate werden zu festem Text; Umstellungen und Nummerierung müssen von Hand korrigiert werdenNur in einer Kopie für die Abgabe umwandeln; Arbeitsdokument unverändert behalten
Ko-Autorinnen oder Betreuer ändern Zitate von HandBeim nächsten Aktualisieren werden Änderungen überschrieben oder Felder beschädigtÄnderungswünsche als Kommentar; Zitate nur über das Programm ändern
Fehlerhafte Metadaten aus WebseitenFalsche Autoren, Titel in Großbuchstaben, fehlende Seiten im LiteraturverzeichnisBei Zeitschriftenartikeln per PMID oder DOI importieren; Eintrag beim Import prüfen
Zeitschriftenabkürzungen uneinheitlichVancouver-Verzeichnis mit gemischt ausgeschriebenen und abgekürzten TitelnAbkürzungsfeld nach NLM-Katalog füllen; Stil- bzw. Dokumenteinstellungen zur automatischen Abkürzung prüfen
Duplikate in der BibliothekDieselbe Quelle erscheint mit zwei NummernDuplikatsuche regelmäßig ausführen und zusammenführen
Zwei Programme oder zwei Bibliotheken in einem DokumentDoppelte oder fehlende Einträge, falsche NummerierungEin Programm, eine Bibliothek pro Dissertation; Wechsel nur über Export (RIS) vor dem Schreiben
Cloudspeicher vollPDFs werden nicht mehr synchronisiert, unbemerkt fehlen Dateien auf dem zweiten GerätSpeicherstand prüfen; Speicher erweitern oder Dateien per WebDAV synchronisieren
Citavi auf dem Mac erwartetDesktopversion läuft nur unter WindowsCitavi Web nutzen oder auf Zotero bzw. EndNote ausweichen
Kein BackupDatenverlust bei Gerätewechsel oder FehlbedienungSynchronisation plus regelmäßiger Export bzw. Sicherung des Datenordners
Zurückgezogene Arbeit zitiertArgumentation beruht auf ungültigen DatenRückzugswarnungen beachten; vor der Abgabe gezielt prüfen

Auswahlhilfe

SituationEmpfehlung
Arbeitsgruppe nutzt bereits ein ProgrammDieses Programm
Keine Vorgabe, gemischte BetriebssystemeZotero
Campuslizenz für EndNote, Klinikumfeld mit EndNote-VorlagenEndNote
Windows, Wunsch nach Wissensorganisation und Gliederungsplanung, Campuslizenz vorhandenCitavi
Schreiben in Google Docs oder LibreOfficeZotero
Schreiben in LaTeXZotero mit BibTeX-Export oder JabRef

Die Wahl hängt außerdem von der Lizenzlage Ihrer Hochschule oder Klinik und dem geforderten Zitierstil ab. Hinweise zum korrekten Zitieren finden Sie unter Gute wissenschaftliche Praxis; zur Nutzung von KI-Funktionen in Literaturprogrammen unter Dissertation und KI. Für die spätere Zeitschriftenwahl siehe Journal auswählen.

Checkliste

  • Programm mit Arbeitsgruppe abgestimmt, Lizenz geklärt
  • Zitierstil nach Promotionsordnung eingestellt und getestet
  • Sammlungen nach Kapiteln oder Suchläufen angelegt
  • Import aus PubMed per .nbib oder PMID, Metadaten geprüft
  • Duplikate entfernt
  • Zitate ausschließlich über die Word-Erweiterung eingefügt
  • Rückzugswarnungen geprüft, Literaturverzeichnis durchgesehen
  • Abgabefassung als Kopie ohne Feldfunktionen erzeugt, Bibliothek gesichert

Quellen